多样性分析
多样性分析将物种丰度表转化为生态学指标，揭示微生物群落的结构和差异。
概述
模块通过 QIIME2 计算两种多样性指标：
- Alpha 多样性（Shannon 指数）：度量单个样本内的物种多样性，同时考虑丰富度和均匀度
- Beta 多样性（Bray-Curtis 相异度）：度量样本间的群落组成差异
工作流程
运行分析
完整流程
在 full-run 中，多样性分析在物种分类之后自动执行，输入为 results/taxonomic_profiling/feature-table.biom。
仅多样性分析
bash
micos run diversity-analysis \
--input-biom results/taxonomic_profiling/feature-table.biom \
--output-dir results/diversity_analysis输出文件
results/diversity_analysis/
├── feature-table.qza # QIIME2 特征表
├── shannon.qza # Shannon Alpha 多样性
└── bray-curtis.qza # Bray-Curtis Beta 多样性距离矩阵结果解读
Shannon 指数
Shannon 值越高表示样本内多样性越高。人类肠道样本的典型范围为 2.5-4.5，> 4 通常表示高多样性。
Bray-Curtis 距离矩阵
距离值域为 [0, 1]，0 表示两个样本组成完全相同，1 表示完全不同。距离矩阵可用于后续的排序分析（如 PCoA）和组间差异检验（如 PERMANOVA），这些分析可通过 QIIME2 命令行或 scripts/ 扩展脚本完成。
扩展指标
QIIME2 支持更多多样性指标（Simpson、Chao1、UniFrac 等）和排序分析（PCoA、NMDS）。MICOS-2024 当前仅集成 Shannon 和 Bray-Curtis，如需其他指标可直接操作生成的 .qza 文件。