数据产物与解释

MICOS-2024 输出一组不同成熟度的分析产物。理解这些产物及其位置，有助于判断分析结果。

输出类型

产物类型	典型位置	代表什么
清洗读段	results/quality_control/	经过过滤后的输入数据
分类报告	results/taxonomic_profiling/	每个样本的分类学证据摘要
BIOM 表	results/taxonomic_profiling/feature-table.biom	结构化丰度矩阵
多样性产物	results/diversity_analysis/	QIIME2 .qza、Alpha TSV、Beta 距离矩阵 TSV
功能表	results/functional_annotation/	通路和功能丰度
运行清单	results/run_manifest.json	版本、数据库、输入文件、参数与阶段状态
汇总报告	results/micos_summary_report.html	自包含 HTML：概览、Top taxa、Alpha 表、运行清单与产物索引

results 目录结构

results/
├── run_manifest.json
├── quality_control/
├── taxonomic_profiling/
├── diversity_analysis/
│   ├── alpha_diversity/alpha-diversity.tsv
│   └── beta_diversity/distance-matrix.tsv
├── functional_annotation/
└── micos_summary_report.html

这个结构本身就是流程依赖图：越靠后的目录，越依赖上游结果的质量。

稳定接口与扩展脚本

• 稳定 CLI：micos/cli.py 中定义的命令及其对应输出目录
• 扩展脚本：scripts/ 下的分析脚本（网络分析、系统发育、扩增子、宏转录组）不属于稳定公共接口，输出位置由脚本自身决定

需要谨慎的地方

1. 把分类结果当成无污染、无偏差的结论
2. 把多样性指标当成无需上下文解释的证据
3. 把 scripts/ 里的每个脚本都当成同等稳定的接口