参考文献

MICOS-2024 建立在成熟的宏基因组和微生物组工具之上。

如何引用 MICOS-2024

项目自身的引用方式请参考仓库中的 CITATION.md。如果使用了某一分析分支，也应同时引用相应工具论文。

1. Wood DE, Lu J, Langmead B

   Improved metagenomic analysis with Kraken 2

   Genome Biology · 2019

   物种分类模块的方法学基线。

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2. Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, et al.

   Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2

   Nature Biotechnology · 2019

   多样性分析模块的基础工具。

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3. McIver LJ, Abu-Ali G, Franzosa EA, et al.

   bioBakery: a meta'omic analysis environment

   Bioinformatics · 2018

   KneadData 和 HUMAnN 所属的工具生态。

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4. Franzosa EA, McIver LJ, Rahnavard G, et al.

   Species-level functional profiling of metagenomes and metatranscriptomes

   Nature Methods · 2018

   HUMAnN 功能注释的方法学参考。

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5. McMurdie PJ, Holmes S

   phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data

   PLoS ONE · 2013

   scripts/ 中 R 侧统计分析的基础。

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