配置系统

MICOS-2024 使用 Pydantic 模型管理配置，支持 YAML 文件和命令行参数两种来源。

配置文件

文件	作用
config/analysis.yaml.template	项目与分析参数模板
config/databases.yaml.template	数据库路径模板
config/samples.tsv.template	样本元数据模板

配置优先级

1. 命令行参数
2. config/analysis.yaml
3. 代码默认值

当存在 config/databases.yaml 时，validate-config 也会读取并检查它。

full-run 关键配置

full-run 主命令最关键的配置：

• 输入目录
• 输出目录
• 线程数
• KneadData 数据库路径
• Kraken2 数据库路径

推荐设置流程

cp config/analysis.yaml.template config/analysis.yaml
cp config/databases.yaml.template config/databases.yaml
cp config/samples.tsv.template config/samples.tsv
micos validate-config --config config/analysis.yaml

最小可运行配置示例

paths:
  input_dir: "data/raw_input"
  output_dir: "results"
  databases:
    kneaddata: "/db/kneaddata/human_genome"
    kraken2: "/db/kraken2/standard"

resources:
  max_threads: 16

模板与 CLI 的关系

配置模板反映的是更大的平台视野（包括 scripts/ 下的扩展分析），而当前稳定 CLI 只覆盖其中主链路。新增配置字段时应判断它属于稳定 CLI 契约、工作流/环境支持，还是专家脚本扩展。