基础与数学

所属板块基础与数学

对象层、坐标系统、coverage 与概率图模型的共同语言。

适合谁读建议在以下阶段阅读

第一次系统学习生物信息学，或希望补齐对象层与数学直觉的读者

建议起点推荐阅读路径

先读生物信息学中的基础对象，再进入 reads/coverage 与坐标系统

生物信息学的很多问题都可以抽象成对序列、图、矩阵和概率模型的计算。但在进入算法之前，先要明确几个基本对象：

这一节是整站的对象层与方法入口——后面的索引、比对、组装、变异检测、转录组分析几乎都依赖这里的术语和直觉。如果这层基础不稳，读者很容易只记住工具名和术语，而无法理解输入输出对应什么对象、某个方法为什么适合这个问题、错误和不确定性从哪里进入流程。

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先建立 DNA、RNA、蛋白质、基因组、reads 和注释等基本对象的整体认识。

把生物对象和字符串表示、坐标系、区间概念连接起来。

理解原始观测如何影响后续比对、组装、变异检测与定量。

建立参考版本、注释层级与坐标系统的基本直觉。

为后续比对、组装和概率模型页建立共通数学语言。

从穷举、DP、图算法、索引到随机化方法，建立整站的算法主线。