故障排除

validate-config 一开始就失败

通常是以下问题：

• 模板占位符没有替换
• config/databases.yaml 指向了不存在的路径
• config/analysis.yaml 与数据库配置不一致

先运行：

micos doctor
micos validate-config --config config/analysis.yaml

full-run 提示缺少数据库路径

稳定 CLI 需要明确提供 KneadData 和 Kraken2 数据库路径：

micos full-run \
  --kneaddata-db /db/kneaddata/human_genome \
  --kraken2-db /db/kraken2/standard

提示“未找到配对的 FASTQ 文件”或“未找到清洗后的配对样本”

当前 full-run 按双端流程设计：

• 原始输入命名应为 sample_R1.fastq.gz / sample_R2.fastq.gz
• KneadData 输出应包含 sample_paired_1.fastq / sample_paired_2.fastq

如果输入为空，CLI 会以退出码 6 结束，而不是生成空报告。先检查命名，再运行 micos doctor 确认工具和数据库路径。

报告里只有部分产物

检查 results/run_manifest.json 中各阶段状态。被 --skip-* 跳过的阶段不会生成产物； 失败阶段会记录 failed 和错误摘要。

包装脚本行为和预期不同

包装脚本是委托层，委托给 CLI 命令。先检查它委托到的 CLI 命令。

容器就绪但运行仍然失败

环境就绪不等于流程正确。Compose 示例帮助准备环境，但不能替代配置验证和命令级检查。

文档里提到了高级分析，但主 CLI 里找不到

这些能力可能位于 scripts/ 而不是稳定 CLI。请结合项目结构和 CLI 参考判断它属于哪一层。