项目结构

顶层地图

路径	职责
micos/	稳定 Python 包与 CLI 编排核心
config/	配置模板与样本元数据
steps/	步骤级 WDL 工作流资产
scripts/	包装层和主 CLI 之外的专家分析脚本
containers/	Singularity 定义与环境资产
tests/	Python 测试
docs/	文档站

稳定核心

micos/
├── cli.py
├── full_run.py
├── quality_control.py
├── taxonomic_profiling.py
├── diversity_analysis.py
├── functional_annotation.py
├── summarize_results.py
├── sample.py
├── config.py
└── utils.py

扩展脚本

scripts/
├── run_full_analysis.sh
├── run_module.sh
├── download_databases.sh
├── verify_installation.sh
├── network_analysis.py
├── phylogenetic_analysis.py
├── amplicon_analysis.py
├── metatranscriptome_analysis.py
└── differential_abundance_analysis.R

这棵子树既有兼容层，也有专家扩展分析。它不属于稳定公共接口。