常见问题
MICOS-2024 是 workflow engine 吗
不是。它是一个围绕宏基因组工具栈构建的 CLI 平台，同时包含 steps/ 下的 WDL 工作流资产和 containers/ 下的环境资产。
scripts/ 里的所有脚本都属于稳定公共接口吗
不是。很多脚本是专家扩展或探索性能力。稳定的命令面请看 CLI 参考。
输入目录为空时为什么直接失败
这是有意的 fail-closed 行为。没有发现样本、上游 BIOM 缺失或阶段未生成预期产物时， micos 会以非零退出码结束，避免自动化流水线把“空结果”当成成功。先检查 FASTQ 命名是否为 sample_R1.fastq.gz / sample_R2.fastq.gz，或运行 micos doctor 检查环境。
run_manifest.json 有什么用
它记录一次运行的工具版本、数据库路径、输入文件、参数和阶段状态/耗时。报告页也会读取 并展示其中信息。当前不支持断点续传；失败时保留 results/ 和 manifest 便于排错。
新项目应该优先用包装脚本还是 Python CLI
优先用 Python CLI。包装脚本适合兼容旧工作流，但不是新项目的事实标准。
为什么配置模板里没有 QC / Kraken2 confidence 这些参数
活动配置模板只保留已接入 CLI 的字段（enforce-effective-configuration，未知字段 extra="forbid" 直接拒绝）。未接入的愿景参数收纳在 配置愿景参数路线图，接入对应 CLI 后再移回模板。
从哪里开始了解项目
建议顺序：